Sáng ngày 27 tháng 5 năm 1541, Margaret Pole được thông báo rằng bà sẽ chết trong một giờ nữa. Bà trả lời mình không có tội gì để phải bị giết. Tuy nhiên, bà sau đó bị dẫn tới một nơi nằm trong khuôn viên Tháp London. Ở đó một khối gỗ đã được chuẩn bị thay vì giàn giáo. Vì thân phận cao quý của mình, bà không bị đem thị chúng trước khi xét xử. Có hai ghi chép tồn tại về cuộc hành hình: của Marillac, sứ thần Pháp; và của Chapuys, sứ thần Thánh chế La Mã.

Họ ghi lại khác nhau, theo Marillac, tường trình 2 ngày sau đó, thì cuộc hành hình diễn ra ở một góc tòa tháp với rất ít người chứng kiến, tường trình này bị nghi ngờ về độ tin cậy. Chapuys viết 2 tuần sau ngày ấy rằng đã có 150 nhân chứng có mặt bao gồm Thị trưởng London. Ông viết rằng: ["Đầu tiên, khi bà ấy biết mình sắp chết, bà ấy có thái độ rất lạ, không biết chứng cứ gì buộc tội mình, cũng không biết bị kết án như thế nào"], và vì đao phủ vừa bị đưa lên phía Bắc chiến đấu với quân phản loạn, người thi hành án là ["Một thanh niên ngớ ngẩn và tồi tệ, hắn đã chặt mảnh đầu và vai của bà thành từng mảnh theo một cách đáng thương nhất!"]. Theo một tường trình khác, được mô tả trong Burke's Peerage như một lời giải thích kinh hoàng trước cái chết của bà, nhấn mạnh rằng Margaret từ chối đặt đầu mình lên thớt chém, nói: ["Đó là việc làm của những đứa phản bội, còn ta thì không"]. Theo đó, bà quay đầu lại và nói với đao phủ rằng nếu ông ta muốn thủ cấp của bà, ông ta hãy tự đến lấy nó nếu có thể. Bà bị đao phủ dùng rìu tấn công tới chết[12][13][14][15][16]. Sau khi bị chém đầu, Margaret được chôn cất ở trong Nhà nguyện của Nhà thờ St Peter ad Vincula, một nhà thờ nhỏ nằm bên trong Tháp London[17].

Con trai của bà, Reginald Pole, nói rằng ông sẽ: ["... Không cảm thấy ái ngại khi là con của một người tử vì đạo"]. Vì thế bà trở nên nổi tiếng trong giới Công giáo và được phong chân phước ngày 29 tháng 12 năm 1886 bởi Giáo hoàng Leo XIII.[18]